Bei der Heufermentierung wird eine Umgebung geschaffen, die das Wachstum von für Heu schädlichen Bakterien hemmt und daher für die langfristige Konservierung des Heus von entscheidender Bedeutung ist.
Dies wird durch die Verdichtung des Heus im Stall erreicht (um auch seine Größe zu verringern), so dass ein geringerer Gasaustausch stattfindet und schädliche aerobe Mikroflora gehemmt wird. Stattdessen wird die Milchsäuregärung gefördert, die eine gute Konservierung des Futters gewährleistet.
Bei unsachgemäßer Handhabung entsteht durch die Fermentation im Heu eine Reaktion zwischen Zucker und Aminosäuren, bei der Schimmel entsteht, der unverdaulich und für Tiere (und Menschen) giftig ist.
Darüber hinaus kann es bei unzureichender Gärungskontrolle, insbesondere bei zu feuchtem Lagerheu, zu einer Selbstentzündung kommen (aufgrund der durch die Aktivität der Mikroorganismen bedingten Temperaturerhöhung im Heu).