La cottura è il processo termico a cui sono sottoposti i granuli ottenuti dalla frammentazione della cagliata per far sì che si riuniscano tra loro, separandosi dal siero. La temperatura di cottura varia a seconda del tipo di formaggio che s’intende produrre: più duro si vorrà il formaggio e più elevata dovrà essere la temperatura. La ragione risiede nel fatto che il calore favorisce l'evaporazione dell'acqua e una minore presenza di acqua porta a una consistenza più dura nella pasta del formaggio.
Per i formaggi a pasta dura la cottura avviene a 51°C-58°C mentre per quelli a pasta molle a circa 35°C.
I formaggi a pasta cruda, come ad esempio la robiola, non vengono sottoposti alla cottura della cagliata.